Ново оръжие за диагностика на туберкулоза и откриване на лекарствена резистентност: Ново поколение насочено секвениране (tNGS), комбинирано с машинно обучение за диагностика на свръхчувствителност към туберкулоза
Литературен доклад: CCa: диагностичен модел, базиран на tNGS и машинно обучение, който е подходящ за хора с по-малко бактериална туберкулоза и туберкулозен менингит.
Заглавие на дисертацията: Секвениране от следващо поколение и машинно обучение, насочено към туберкулоза: ултрачувствителна диагностична стратегия за пауцифични белодробни тубули и тубуларен менингит.
Периодично издание: 《Clinica Chimica Acta》
АКО: 6.5
Дата на публикуване: януари 2024 г
В комбинация с Университета на Китайската академия на науките и Болницата за гръден кош в Пекин на Столичния медицински университет, Macro & Micro-Test създаде модел за диагностициране на туберкулоза, базиран на ново поколение технология за целево секвениране (tNGS) и метод на машинно обучение, който осигурява ултрависоко чувствителност за откриване на туберкулоза с малко бактерии и туберкулозен менингит, предостави нов метод за диагностика на свръхчувствителност за клинична диагностика на два вида туберкулоза и помогна за точната диагноза, откриване на лекарствена резистентност и лечение на туберкулоза.В същото време е установено, че плазмената cfDNA на пациента може да се използва като подходящ тип проба за клинично вземане на проби при диагностицирането на TBM.
В това проучване бяха използвани 227 плазмени проби и проби от цереброспинална течност за установяване на две клинични кохорти, в които лабораторните диагностични кохортни проби бяха използвани за установяване на модела на машинно обучение за диагностика на туберкулоза, а клиничните диагностични кохортни проби бяха използвани за проверка на установената диагностичен модел.Всички проби бяха първо насочени от специално проектиран целеви пул за улавяне на сонди за Mycobacterium tuberculosis.След това, въз основа на данни за секвениране на TB-tNGS, моделът на дървото на решенията се използва за извършване на 5-кратно кръстосано валидиране на комплектите за обучение и валидиране на опашката за лабораторна диагностика и се получават диагностичните прагове на плазмени проби и проби от цереброспинална течност.Полученият праг се въвежда в два тестови набора от опашката за клинична диагностика за откриване и диагностичното представяне на обучаемия се оценява чрез ROC крива.Накрая беше получен диагностичният модел на туберкулозата.
Фиг. 1 схематична диаграма на изследователския дизайн
Резултати: Според специфичните прагове на CSF ДНК проба (AUC = 0,974) и плазмена cfDNA проба (AUC = 0,908), определени в това изследване, сред 227 проби, чувствителността на CSF пробата е 97,01%, специфичността е 95,65%, и чувствителността и специфичността на плазмената проба са 82,61% и 86,36%.При анализа на 44 сдвоени проби от плазмена cfDNA и ДНК на цереброспинална течност от пациенти с TBM, диагностичната стратегия на това проучване има висока консистенция от 90,91% (40/44) в плазмената cfDNA и ДНК на цереброспиналната течност, а чувствителността е 95,45% (42/44).При деца с белодробна туберкулоза диагностичната стратегия на това проучване е по-чувствителна към плазмените проби, отколкото резултатите от откриването на Xpert на проби от стомашен сок от същите пациенти (28,57% срещу 15,38%).
Фиг. 2 Анализ на модела за диагностика на туберкулоза за популационни проби
